איכות אוויר טובה מאוד נרשמה במהלך יום כיפור בכל תחנות הניטור של המשרד להגנת הסביבה. עם כניסת החג ירדו באופן דרסטי ריכוזי תחמוצות החנקן, המהוות סמן לזיהום אוויר מכלי רכב בתחנות התחבורתיות בגוש דן ובירושלים.
ריכוזי תחמוצות החנקן ביום הכיפורים בגוש דן ובירושלים עמדו על ערכים שבין 7 ל-17 חלקים לביליון (חל"ב). זאת לעומת יום לפני כניסת החג בשעות הבוקר (יום ב', 10 באוקטובר 2016) שבו הגיעו הריכוזים בגוש דן עד ל-95 חל"ב ובמרכז ירושלים נרשמו ריכוזים של עד 178 חל"ב.
במשרד להגנת הסביבה אומרים שהשיפור המשמעותי באיכות האוויר ביום כיפור מדגים את ההשפעה של התחבורה כמקור העיקרי לזיהום האוויר בערים הגדולות. נדגיש, כי הירידה הדרסטית חלה רק בתחמוצות חנקן ולא בחלקיקים העוברים בדרכי הנשימה, מאחר ולחלקיקים יש זמן שהות ארוך באטמוספירה (כ-10 ימים) עד לסילוקם.
תחמוצות החנקן גורמות לסימפטומים שונים של מחלות בדרכי הנשימה ולהקטנת עמידות הגוף בפני חיידקים. חשיפה לריכוזים גבוהים מאד של חנקן דו-חמצני, המזהם המזיק לבריאות בתוך תחמוצות החנקן, עלולה לגרום להגברה של תגובות דלקתיות במערכת הנשימה של אנשים בריאים. בקרב חולי מחלת נשימה כרונית (COPD) וכן בקרב חולי אסתמה ומעלה את תדירות הסימפטומים הנשימתיים (התקפים).
בריכוזים סביבתיים נמוכים יותר נמצא קשר בין חשיפה לחנקן דו-חמצני עלייה בשיעור הפניות לחדרי מיון, ועלייה בשיעור האשפוזים עקב מחלות נשימתיות ובעיקר אסתמה. כמו-כן, נמצא כי חשיפה של נשים למזהם זה במהלך השליש הראשון של ההיריון מעלה את הסיכון למומי לב בעובר. חשיפה כזו בשליש האחרון של ההיריון מעלה את הסיכון ללידת תינוק במשקל נמוך.