משרדי התחבורה והאוצר לא מקדמים מבנה תעריפים משתנה, שימנעו את המצב הקיים היום שבו אנחנו משלמים עד 38.5 שקלים לנסיעה לאורך הקטע המרכזי של כביש 6, גם אם נתקלנו בפקקים ההולכים ומתגברים בו. המדינה גם יודעת שנהגים רבים מתבלבלים בגלל הגבייה הנפרדת בכביש 6 צפון, שמביאה לאי תשלום, קנסות ותביעות, ולא דואגת ליצירת מנגנון קביעה אחיד.
לפי דוח מבקר המדינה, כל משתמש נדרש לשלם את מלוא האגרה על אף ההאטה שחלה במהירות הנסיעה בשעות אלה בשעות העומס, שבהם יורדת המהירות הממוצעת עד ל-36 קמ"ש בחלק מקטעים, למרות שהמהירות החוקית בכביש היא 120 קמ"ש כך שהכביש אינו פועל כמצופה מרמת שירות של כביש מהיר.
המדינה חתמה על הזכיין על הסכם להרחבת הכביש בין מחלף קסם לעין תות בעלות של 4 מיליארד שקל, ובאופן מופלא פירסם היום משרד התחבורה שעות לפני פרסום דוח המבקר, כי העבודות החלו, אך יסתיימו רק בעוד ארבע שנים, אחרי שהפקקים בתשלום בכביש יוסיפו להתארך.
לפי המבקר, החלטת משרד התחבורה כי הנתיב הנוסף יפעל כנתיב רב תפוסה, שיהיה חינמי לתחבורה ציבורית ולרכבים עם לפחות 3 נוסעים, לא תהיה כלכלית עד 2040 וכי אין עדיין טכנולוגיה יעילה לספירת הנוסעים. וכך בעוד שבנתיב המהיר בכניסה לתל אביב משלמים הנהגים לפי מהירות הנסיעה, אין מנגון גבייה כזה לרכב פרטי, אך יהיה בעתיד עבור משאיות.
בגלל מכרזים שונים מופעל הקטע הצפוני של כביש 6, מיקנעם עד צומת סומך, בידי זכיין שונה, מה שמבלבל נהגים רבים שלא מבינים מדוע עליהם לשלם פעמיים על השימוש בכביש, מצב המוביל לדוחות וקנסות. 6 צפון גם זול משמעותית מכביש 6 המרכזי, אולם כביש האגרה היקר בארץ לקילומטר הוא מנהרות הכרמל. וכאשר נרשמו רווחים מהפעלת הכביש, בסך 23 מיליון שקל, הם נכנסו לקופת המדינה במקום לשמש להוזלת הנסיעה בכביש.
מחברת חוצה ישראל, האחראית מטעם המדינה על הפעלת כבישי האגרה, נמסר כי הנושאים בדוח המבקר הם באחריות משרדי התחבורה והאוצר. לא נמסרה תגובה ממשרד התחבורה.