תכנית מסילת מנשה מתקדמת עוד שלב: המועצה הארצית לתכנון ולבנייה אישרה להפקדה את הפרויקט שיחבר לראשונה את העיר חריש, מרחב באקה-ג'ת, יישובי מנשה ואלונה ועמק חפר לרשת הרכבות הארצית, ויחזק את הקישוריות בין הצפון, מרכז הארץ ונמלי הים.
התוכנית כוללת הקמת מסילת ברזל כפולה באורך של כ-50 ק"מ, לצד שדרוג והרחבת כבישים 574 ו-581 והשלמת המסדרון של דרך האורך האזורית מספר 444 בין בת חפר לחריש ולכביש 65. המסילה, שתעבור לאורך כביש 6, תתחבר בחלקה הדרומי למסילה המזרחית ובחלקה הצפוני למסילת העמק, לחיפה ולמסילת הגליל המתוכננת להגיע עד לטבריה.
המסילה החדשה תקצר את זמני הנסיעה למרכז הארץ ותחסוך את העיקוף כיום דרך חיפה, המחייב גם החלפת רכבות ומאריך את זמן הנסיעה. כך תשתפר הנגישות בתחבורה הציבורית לעובדים באזורי התעסוקה, ויתאפשר שינוע מטענים מנמל חיפה וממטרופולין חיפה והצפון ללא מעבר במסילת החוף. בכך יתאפשר גם שיפור השירות והגדלת תדירות רכבות הנוסעים בין חיפה לתל אביב.
במסגרת התוכנית יוקמו שלוש תחנות רכבת חדשות: בבת חפר, בבאקה אל-גרבייה ובחריש, אשר יאפשרו לתושבי האזור גישה ישירה ומהירה לרשת הרכבות הארצית וישפרו משמעותית את הנגישות למרכזי התעסוקה והמסחר.
כמו כן, התוכנית שמה דגש מיוחד על שמירת הסביבה. כשליש מתוואי המסילה מתוכנן במנהור, לרבות מתחת לשמורה הביוספרית במגידו, כדי לשמור על השטחים הפתוחים, בערוצי הנחלים ובערכי הטבע הייחודיים לאזור. המנהור הנרחב הוא אחת הסיבות שעלות הפרויקט תגיע ל-10 מיליארד שקל.
כעת תועמד התכנית לשמיעת תגובות הציבור לפני האישור הסופי. אין לפרויקט לוח זמנים סופי ותקציב מאושר, כך שהמסילה החדשה לא צפויה להתחיל לפעול לפני שנת 2035.
מנכ"ל מינהל התכנון, רפי אלמליח: "הפקדת תוכנית מסילות מנשה היא צעד מכריע במימוש החזון הלאומי לחיזוק הפריפריה וחיבורה למרכז. אנו מוציאים לדרך עורק תחבורתי חיוני שיוריד את העומס בכבישים, יעביר שינוע מטענים מהמשאיות למסילה ויעניק לתושבי האזור נגישות מהירה, יעילה ובטוחה לכל חלקי הארץ. זהו פרויקט שישנה את המציאות התחבורתית והכלכלית של האזור כולו".
סמנכ"לית תשתיות במינהל התכנון, יעל סולומון: "הצלחנו לגבש תכנון המאזן בין צורכי הפיתוח הלאומיים לבין השמירה הקפדנית על ערכי הטבע והנוף במרחב, בין היתר באמצעות פתרונות מנהור מתקדמים. התוכנית מבטיחה קישוריות מיטבית לתחנות הרכבת החדשות עבור הולכי רגל ורוכבי אופניים, כחלק מראייה כוללת של העדפת התחבורה הציבורית".
התוכנית קודמה על ידי משרד התחבורה באמצעות חברת נתיבי ישראל.