ב-6 לאוקטובר 2023 הגיעה לשדרות הרכבת הישירה האחרונה מהמרכז דרך אשקלון. קו חשוב, ששירת גם את אופקים ונתיבות, מאפשר לתושבי עוטף עזה נסיעה ישירה לאזור המרכז ולאפשרויות התעסוקה והלימודים שהוא מציע. בנוסף קו שימש קו הנגב המערבי כקו גיבוי לשירות הרכבות מהמרכז לבאר שבע, למקרה של עומסים או תקלה בקו דרך לוד ולאורך כביש 6.
מאז עמדה תחנת שדרות סגורה עד מרץ האחרון שבה נפתחה, אבל חלקית. התנועה מתאפשרת כעת רק דרומה לבאר שבע. תושבים משדרות, אופקים ונתיבות שמעוניינים לנסוע ברכבת למרכז, לחסוך את עלויות הנסיעה ברכב פרטי, הפקקים וחיפושי החנייה, יכולים להחליף רכב בבאר שבע. זמן הנסיעה הכולל שלהם התארך בכ-40 דקות, בגלל הנסיעה בכיוון ההפוך והצורך להחליף רכבת בדרך.
כאשר דנו בחידוש שירות הרכבת לעוטף, הבהירו בפיקוד הדרום של צה"ל כי הנסיבות הביטחונית השתנו: אזור גשר הרכבת בשדרות שכבר היה ידוע שחשוף לטילים מעזה, הפך מסוכן יותר ביחד עם קטע ארוך יותר, לאחר הופעת טילי נ"ט מתקדמים יותר וארוכי טווח בידי החמאס. בעיית מיגון הגשר, שברכבת ישראל התריעו עליה עוד ב-2014, והביאה לסגירת הקו הישיר בעיתות מתיחות, לא טופלה, כאשר משרד התחבורה מסרב לשאת במימון, ומנסה להפיל את העלות על משרד הביטחון.
אם לפני המלחמה דובר על צורך במיגון בעלות של כמה עשרות מיליוני שקלים, כעת מדובר בעלות של כ-800 מיליון שקל, למיגון מאסיבי יותר ולקטע ארוך יותר. במסיבת עיתונאים בחודש מרץ גילה מנכ"ל משרד ראש הממשלה יוסי שלי, כי ראש הממשלה בנימין נתניהו הורה לתקציב 200 מיליון שקל לתחילת העבודות, וכי משרדי הממשלה ידונו על מציאת שאר התקציב הדרוש. חצי שנה אחר כך, דבר לא אירע. טרם סוכמו מקורות המימון, ואפילו לא הוגשה תכנית מיגון לאישור מוסדות התכנון. מאחר והעבודות צפויות להימשך כשנתיים, כבר כעת הרכבת הישירה שעזבה את שדרות באוקטובר 2023, לא תחזור אליה לפני ינואר 2026.
במשרד התחבורה אומרים כי "תחנת הרכבת בשדרות נסגרה בהוראת גורמי הביטחון עם פרוץ המלחמה ובזכות פעולות שביצעה הרכבת התאפשרה הנסיעה משדרות דרומה בעוד הנסיעה צפונה נאסרה על ידי הצבא. רכבת ישראל ערוכה לחידוש התנועה לכיוון צפון מיד עם קבלת האישורים ממשרד הביטחון".
כמו בסוף השבוע, כאשר משרד התחבורה ניסה להטיל את האחריות על בעיית ההסעות לחיילים והטיסות למילואימניקים וסתם אזרחים שנתקעו בחו"ל, על משרד הביטחון. גם הבוקר ניסו שם להתחמק: "נושא מיגון תחנת הרכבת בשדרות הינו באחריות משרד הביטחון במשך שנים".
עוד נמסר כי "בימים אלו, משרד התחבורה פועל מול הגופים הרלוונטיים האחרים ובהם משרד ראש הממשלה, משרד הביטחון ומשרד האוצר, במטרה לקדם את נושא מיגון תחנת הרכבת בשדרות, תוך העלאת החשיבות בפניהם על תנועת הרכבות באזור לטובת תושבי הדרום. נושא מיגון מסילת הרכבת לשדרות מקודם כיום על ידי מנכ"ל משרד ראש הממשלה, במסגרת דיונים שוטפים המתקיימים במשרד רוה"מ. עלות המיגון נאמד ביותר מ- 800 מיליון שקלים. התכנון והביצוע נעשה על ידי משרד הביטחון.
במשרד האוצר מדברים בשני קולות. מהמשרד נמסר כי "מתקיימים דיונים בנושא בהובלת מנכ"ל משרד רה"מ והוקצה תקציב לתכנון ראשוני עבור פתרונות לסוגיה". אבל כמו במשרד התחבורה, מסרבים לתת הערכת זמנים לביצוע העבודות ולחידוש הרכבת הישירה.
מלשכת שר האוצר בצלאל סמוטריץ', שמכיר היטב את הסוגיה מהימים ששימש כשר התחבורה, נמסר כי בגלל אין צורך במיגון וכי השר רואה בכך הוצאה מיותרת "עשרות שנים תושבי שדרות חיו תחת איום טילים מתמיד ומדינת ישראל הגיבה בעוד ועוד מיגון לשדרות ולעוטף ישראל", נמסר מהלשכה. "לפני שנה חווינו את המתקפה הנוראית ביותר שידענו וממשלת ישראל החליטה לשים סוף לאיום הנשקף מעזה ומחמאס על תושבי הדרום. אחת ממטרות המלחמה היא להסיר את האיום ולהשיב את הביטחון לתושבי הדרום. לתמיד. לא עוד מיגון, לא עוד להתחבא מאחורי קירות וגדרות, התחייבנו להסיר את האיום וכך בעזרת השם יהיה. את המיליארדים נשקיע בפיתוח ובהפרחת חבל התקומה. זו המדיניות של שר אוצר וזו המדיניות של ממשלת ישראל. ההחלטה על סגירת קו הרכבת היא של צה"ל ולדעתו של שר האוצר נכון היה לפתוח אותה לתנועה כבר מזמן והשר אומר זאת בכל הזדמנות".