ברכבת ישראל השלימו באחרונה את תכנון תוספת התדירויות לאחר הפעלת מערכות האיתות והבטיחות החדשות בסוף השנה. המערכת תאפשר בין השאר להעלות את מספר הרכבות הנוסעות באיילון בכל כיוון מ-14 ל-17 בשעה, תוספת חשובה על רקע הצפיפות בשדת המסילתית הראשית של ישראל, לפחות עד פתיחת המסילה הרביעית ב-2030.
לפי התוכניות המתגבשות, שעוד דורשות את אישור משרד התחבורה, יתווספו שתיים מתוך שלוש הנסיעות לקו הרצליה - ירושלים, שמשרת גם את נתב"ג. הסיבה: הקו המהיר לבירה שנחנך ב-2019 תופס תאוצה וממשיך להתמלא. גם מעבר להפעלת רכבות של 10-12 קרונות בקו לא פתר את בעייית הצפיפות בשעות העומס. תחנת נבון בירושלים היא כבר השלישית העמוסה ביותר בארץ, אחרי תחנות סבידור והשלום בתל אביב.
בנוסף ב-2026 צפויה להתחיל הפעלה חלקית של הקו הירוק של הרכבת הקלה בבירה, מגילה שבדרום העיר לתחנת נבון, מה שיגדיל עוד יותר את השימוש בקו לתל אביב, על חשבון נסיעה ברכב פרטי או באוטובוס. גם מספר המגיעים לנתב"ג ברכבת, והחוזרים באמצעותה מנסיעות לחו"ל, נמצא בעלייה מתמדת.
כיום מופעלות בקו רק שתי רכבות בשעה, כאשר התדירות הנמוכה של רכבת אחת לכל 30 דקות היא תלונה נפוצה בידי הנוסעים, שנאלצים להמתין לעתים זמן רב על הרציף. רכבת שלישית כבד תעלה את התדירות לאחת ל-20 דקות מתחילת 2026, כאשר בהמשך השנה תתווסף רכבת רביעית והתדירות תשתפר לרכבת בכל רבע שעה. תדירות גבוהה נחשבת לגורם המגביר את הביקוש לקווי תחבורה ציבורית. בהמשך מתוכננת הארכת הקו לבירה לאיזור גן הפעמון ומתחם תחנת הרכבת הישנה, עם תחנה במרכז העיר.
את הרכבת השלישית שתתווסף מדי שעה תקבל במהלך 2026 באר שבע, וכך יהיו בקו לבירת הנגב שלוש רכבות בשעה, לטובת תושבי הדרום, הסטודנטים בבן גוריון והחיילים. הרכבת השלישית תתווסף לקו המסילה המזרחית, המשרת גם את מזכרת בתיה, קריית גת, קריית מלאכי ולהבים, אם כי לא כל הרכבות עוצרות בכל התחנות. מועד הוספת הרכבת השלישית עדיין לא נקבע סופית והוא תלוי גם בהשלמת חישמול הקו.
תדירות הרכבות לצפון לא תתוגבר בינתיים, כי כבר היום פועלות בקו בין שלוש לארבע רכבות מדי שעה.