כמעט חצי שנה לאחר תקלת המטענים ששיתקה חלק מפעילות רכבת ישראל לימים ארוכים ועלתה עשרות מיליוני שקלים, מגיעה עזיבה ראשונה של בכיר בארגון.
שניר שושני, סמנכ"ל התשתיות ברכבת ישראל, הודיע על התפטרותו לאחר שזומן לשימוע בידי הנהלת הרכבת. ועדת החקירה לאירוע שהתרחש באוגוסט האחרון, ובו פגעה רכבת משא ברשת הטעינה החשמלית של הרכבת בשני מקומות, ביקרה בחריפות את העובדה שבכירי הרכבת לא מיהרו להגיע פיזית למקום האירוע הראשון סמוך לצומת גנות, מה שהיה אולי מונע את האירוע השני, כאשר אותה רכבת פגעה בתשתית החשמל גם בין חדרה לנתניה.
שושני, שמונה לתפקידו חודשים ספורים לפני האירוע, אירח באותו ערב בכירים באגף התשתיות ועקב אחרי האירועים בטלפון. ועדת החקירה שבראשה עמד יהודה בר און, ביקרה גם את סמנכ"ל המטענים של הרכבת ישראל מרקו שהגיע לאתר רק שעות לאחר האירוע, למרות שנגרם בידי רכבת מטענים, שבדיעבד התברר כי אחד אחד ממשטחי הנשיאה שהובילה השתחרר ממקומו בנסיעה ופגעה בכבלי החשמל.
לפי הדוח הגיע מרקו לאתר הראשון רק לאחר שקיבל שיחה מיו"ר הרכבת משה שמעוני, שתמה על כך שאף בכיר לא נמצא במקום. מנגד מציין הדוח כי לאחר שהוועדה החיצונית כבר יצאה לדרך התקשר שמעוני לבר-און ובניגוד למנדט המקורי שקיבלה, הורה לו להתמקד רק באירוע התקלה עצמו, ולא לבחון את האירועים שהובילו אליו.
הפרשה חשפה חוסר מקצועיות באגף המטענים ותרבות ארגונית בעייתית ברכבת, ששמעוני משמש כיו"ר שלה מאז מונה לתפקידו בידי שרת התחבורה מירי רגב לפני חמש שנים. שמעוני הביא לעזיבת מנכ"ל הרכבת מיכה מייקסנר, שזכה לשבחים רבים מגופי ממשל, לאחר שרגב לא הייתה מרוצה מסירובו לאפשר מינויים פוליטיים ברכבת. שיקו ז'אנה שהובא להחליפו עזב לאחר שנתיים, כאשר תקלת המטענים התרחשה ביומו האחרון בתפקיד. החודש החל לכהן כמשנה למנכ"ל אבנר פלור, לשעבר בכיר במשרד התחבורה, ששימש בין השאר בתפקידי פיקוח על הרכבת.
מצבה הניהולי הקשה של הרכבת מתבטא גם בעיכובים בשלושת פרויקטי התשתית המרכזיים שלה. המסילה המזרחית שאמורה להוסיף תחנות בשרון ובמרכז ולהפחית עומסים ממסילת החוף לא תיפתח כמתוכנן בחודשים הקרובים, פתיחתה ופתיחת מסילת 431 ממודיעין דרך רמלה לראשון לציון תידחה מ-2027 ל-2028. בנוסף מתעכבת הפעלת מערכת האיתות החדשה של הרכבת, שקריטית להוספת רכבות בציר איילון ולהגביר את התדירות בקו העמוס לירושלים, שבו פועלות כעת רק שתי רכבות בשעה. מה שהיה אמור לקרות בשבועות הקרובים נדחה לרבעון השלישי השנה.